Historicamente, a ciência tem tido uma relação complexa com a religião; doutrinas religiosas por vezes influenciaram o desenvolvimento científico, enquanto o conhecimento científico tem surtido efeitos sobre crenças religiosas. A visão do ser humano sobre D-us influencia a visão dele sobre natureza e vice-versa, já que o ser humano é um ser integral.Um ponto de vista descrito por Stephen Jay Gould como magistérios não-sobrepostos - em inglês Non-Overlapping Magisteria (NOMA) - é que a ciência e a religião lidam com aspectos fundamentalmente distintos da experiência humana, e desta forma, quando cada uma delas permanece em seu próprio domínio, elas coexistem de maneira pacífica.Outra visão conhecida como a tese do conflito, afirma que a religião e a ciência inevitavelmente competem pela autoridade sobre a natureza da realidade, de forma que a religião está gradualmente perdendo a guerra contra a ciência ao passo que as explicações científicas tornam-se mais poderosas e gerais. Esta visão foi popularizada no século XIX por John William Draper e Andrew Dickson White.

A religião e a ciência são construções humanas, que variam com o tempo. Dentro de qualquer religião há uma variedade de posicionamentos, ramificações, segundo as diversas interpretações que fazem das escrituras que consideram sagradas, inspiradas por D-us,revelação do Criador. Há uma multiplicidade muito grande de pareceres teológicos dentro de cada religião, acompanhando assim a variedade de formas com que o ser humano vê as questões que envolvem D-us e o homem. Assim também na ciência, há diversas visões sobre sua epistemologia, ou seja, há concepções distintas sobre como o conhecimento científico é gerado e sobre a natureza e autoridade da ciência. Alguns cientistas entendem a ciência como instrumento para se achegar a Verdade Absoluta, outros a veêm limitada e restrita às limitações racionais e experimentais humanas. Alguns crêem que é possível verificar algo, outros entendem que só é possível excluir possibilidades e outros acham que as infinidades de possibilidades e conjecturas da mente, as formas de pensar humanas não esgotam todas as variáveis do problema, que os experimentos criados são limitados pelas pré-suposições de como é a natureza e que as próprias percepções, medições e sensibilidade aos fatos são limitados. Assim, há uma grande variedade de concepções epistemológicas da ciência e da religião (de como os conhecimentos religiosos e científicos são adquiridos) e das relações entre a ciência e a religião (historicamente e na atualidade), variando do antagonismo e separação até a colaboração próxima.